Lundi 24 février 2020
14h00 – 15h30
Salle 10.01, Bâtiment 10
Université de Montpellier – Campus Triolet

La technologie de séquençage de l’ARN en cellule unique (scRNAseq) est une technique de séquençage à haut débit qui bat actuellement son plein. Il permet à chaque cellule du même échantillon d’être séquencée séparément, contrairement au séquençage d’ARN classique (ou bulk) (qui mesure l’expression des gènes à partir d’un mélange de cellules différentes). De nouveaux traitements bioinformatiques et outils statistiques sont donc nécessaires pour le traitement scRNAseq. Le nombre de publications et de logiciels consacrés à l’analyse des données scRNAseq a connu une croissance exponentielle au cours des quatre dernières années. Les méthodes proposées couvrent toutes les étapes habituelles du pipeline: normalisation des données, regroupement cellulaire, détection de gènes marqueurs, analyse différentielle globale, inférence de trajectoire,…

Dans cet exposé, un examen de certaines méthodes statistiques pour le scRNAseq sera proposé, en particulier axé sur le regroupement cellulaire et la détection des gènes marqueurs. Ces méthodes seront illustrées sur des données scRNAseq issues d’une collaboration avec Stromalab.