Pierre-Emmanuel MILHIET, Directeur du Pôle Biologie-Santé
Laurent Journot, Directeur de Biocampus Montpellier

 

Implication des laboratoires de recherche montpelliérains et nîmois
dans les tests de diagnostic du SARS-CoV-2

Note de synthèse rédigée le 1er avril 2020

État des lieux

Après plusieurs échanges avec le service de Bactériologie-Virologie du CHU de Montpellier et son directeur Philippe Van de Perre, la communauté Biologie-Santé montpelliéraine a réalisé un inventaire des équipements des laboratoires permettant d’augmenter les capacités de détection du SARS-CoV-2 par PCR et a évalué la capacité de mobilisation des agents des unités. Cet inventaire répond également à la récente lettre de cadrage de nos tutelles.

Un tableau énumère la répartition par laboratoire des appareils nécessaires au test (qPCRs, robots de pipetage et d’extraction de l’ARN, hottes à flux laminaire pour la préparation d’échantillons) et le nombre de personnels mobilisables. Certains laboratoires sont affiliés au Pôle AEB de l’Université.

Cet inventaire démontre que les laboratoires de recherche montpelliérains pourraient être en mesure de répondre à une stratégie étendue de dépistage du SARS-CoV-2 par PCR et/ou sérologie, aussi bien au niveau humain qu’au niveau matériel.

Une première opération de transfert de 3 machines a contribué à doubler les capacités de détection du laboratoire de virologie du CHU de Montpellier le 25 mars 2020.

Ressources montpelliéraines et nîmoises

  • 25 machines qPCR Lightcycler 480 de Roche (correspondant au modèle de machines actuellement utilisé pour les tests de détection). 14 autres machines qPCR de différents modèles sont également disponibles.
  • 7 robots pipeteurs
  • 16 robots de préparation d’ARN (qui représente probablement le principal goulet d’étranglement)
  • Une ou plusieurs hottes à flux d’air laminaire dans une enceinte BSL2 sont généralement à proximité de ces équipements.
  • Plus de 50 personnes ont déjà proposé leur aide.

Problématiques

– Les besoins du CHU risquent d’évoluer dans les semaines à venir (achat de chaînes automatiques d’extraction qui sont maintenant proposées par plusieurs compagnies, implication de laboratoires privés…). A ce stade, il est également difficile de savoir combien de tests pourraient être réellement effectués par les laboratoires de recherche (le débit va également dépendre de la capacité d’automatisation).

– D’après nos discussions avec le CHU, le dépistage ne peut se concevoir qu’à l’aide de techniques validées et agréées (« marquées CE » au minimum), ce qui exclut a priori les techniques ‘’maison’’ des laboratoires de recherche (à moins que l’ARS et le ministère ne changent de politique).

– Il est envisagé d’utiliser des techniques sérologiques en complément du dépistage et plusieurs trousses commerciales sont actuellement testées, basées sur la technique ELISA et des techniques dites “rapides” (TDR). Dans ce contexte, les laboratoires pourraient également fournir des équipements type lecteur de plaque et robot de pipetage qui pourraient permettre d’augmenter considérablement le débit d’analyse. Une réflexion CHU-EFS est en cours.

– Réglementairement, le personnel en charge du diagnostic comme du dépistage doit être habilité par l’établissement de santé (après formation et validation des compétences), ce qui n’est pas le cas de la majorité des personnels des unités de recherche.

Recommandations

– Il est important que nos actions soient parfaitement coordonnées avec le CHU et les différentes tutelles. Nous proposons donc de constituer un comité de pilotage transverses (groupe de réflexion), composés de spécialistes des techniques susmentionnées, et de représentants des différents organismes de tutelle (CIRAD, CNRS, INRAE, INSERM, IRD, UM). Ce comité travaillera en étroite collaboration avec le service de Bactériologie-virologie du CHU et plus particulièrement Philippe Vande Perre, Edouard Tuaillon et Vincent Foulongne.

Nous proposons éventuellement les personnalités suivantes : Jean-Christophe Avarre (ISEM), Pierre Corbeau (IGH, CHU Nîmes), Laurent Journot (Biocampus), Jacques Mercier (UM-CHU), Jean-Michel Mesnard (IRIM), Pierre-Emmanuel Milhiet (Pôle Bio-Santé), Franck Molina (Sys2Diag), Etienne Schwob (IGMM), Renata Servan de almeida (CIRAD), Philippe Vande Perre (CHU), plus les représentants des différentes tutelles.

– Nous pensons que la détection doit se faire si possible dans le cadre hospitalier ou au plus près de l’hôpital. Il nous semble que les laboratoires du site Arnaud de Villeneuve doivent être privilégiés car ils hébergent déjà beaucoup de machines qPCR et pourraient héberger les moyens prêtés par d’autres unités ainsi que le personnel qui serait délocalisé.

La proximité de l’hôpital devrait grandement faciliter le transfert et le suivi des échantillons.