Extraction des données patients et interopérabilité pour la recherche hospitalo-universitaire ; validation sur une cohorte multi-pathologie / multi-établissement

Description du projet et de ses objectifs

Les données clinico-biologiques des patients et les biomarqueurs sont essentiels pour, non seulement confirmer les diagnostics, mais également pour définir les sous-types de pathologies, faire des liens avec l’évolution ou la réponse au traitement… Ces éléments sont à la base de nombreuses recherches hospitalo-universitaires dans de nombreux domaines de MUSE, de la biologie à la clinique.

Le constat est qu’il existe un besoin critique de moyens et de solutions informatiques pour l’extraction de données patients en tenant compte des solutions informatiques propres à chaque établissement de soins, et ce, dans un format homogène permettant une exploitation optimale. Ces extractions automatisées de données ont également pour finalité de favoriser les échanges de contenu au niveau local, voire national ou international (interopérabilité).

Le projet consiste, dans un premier temps,  à définir puis mettre en œuvre un processus permettant de mettre en lien de manière automatisée les données cliniques issues du Dossier Patient Informatisé (DPI) avec les données des biobanques au sein de chaque établissement. Dans un second temps, Les données de chaque établissement pourront alimenter un entrepôt intermédiaire partagé chez un hébergeur de données de santé certifié.

Les données extraites du DPI ne concerneront dans un premier temps que les données structurées et codées de manière standardisées, principalement : codes diagnostiques CIM10, examens biologiques et traitements médicamenteux selon classification ATC (Anatomique Thérapeutique Chimique).

Toutes ces opérations seront effectuées dans le respect de la loi Informatique et liberté et le règlement européen sur la protection des données personnelles afin de préserver la confidentialité des données.

Le projet concerne les trois établissements de soin de MUSE (CHU Montpellier, CHU Nîmes et ICM), qui sont dotés chacun d’outils informatiques différents.

Indicateurs de mesure

Indicateurs :

  • Nombre de couples patients / échantillons biologiques ayant leurs données extraites.
  • Nombre d’établissements en mesure d’assurer cette extraction.
  • Mise en place d’un entrepôt de données KIM (EDKIM)
  • Nombre couple de données de couples patients / échantillons biologiques transférer à l’EDKIM

Objectif à deux ans :

  • 500 couples intégrés dans l’EDKIM, répartis entre les 5 champs pathologiques correspondant aux FHU-COEN (cancérologie, maladies Infectieuses, médecine expérimentale et régénératrice, neurologie, maladie métabolique).
  • Deux des trois structures de soins alimentant l’EDKIM;