La dernière décennie a vu une explosion sans précédent des données relatives à la santé, à l’environnement et à l’agriculture. Cela a un impact considérable sur le développement de ces disciplines. Comprendre ces informations n’est pas simple. Il y a non seulement des difficultés pratiques liées au stockage et à la manipulation de ces ensembles de données massifs, mais il y a bien sûr des problématiques quant aux analyses et à l’interprétation des résultats obtenus.
De nombreux efforts interdisciplinaires en matière de gestion et de traitement des données biologiques ont été déployés à Montpellier depuis une dizaine d’années :
- le LabEx NUMEV
- l’UMS BioCampus ;
- la plate-forme MBB (ISEM) ;
- l’Institut de Biologie Computationnelle
- l’Institut du Cancer de Montpellier (ICM)
- le Digital Agriculture Convergence Lab #DigitAg…
Face à l’ampleur du défi, la communauté MUSE doit s’organiser pour renforcer ces dispositifs. La KIM Data & Life Sciences sera la première brique d’un édifice structurant. Son objectif est de faire émerger une communauté, en créant de nouvelles synergies et en favorisant les collaborations interdisciplinaires. A long terme, elle deviendra le lieu où chercheurs et ingénieurs se retrouvent pour échanger autour du stockage et du traitement des données massives, de l’apprentissage automatique, de l’intelligence artificielle.
La KIM Data & Life Sciences va impliquer et former les jeunes chercheurs, animer la communauté, lui offrir des services. Par ailleurs, elle va essayer d’attirer des chercheurs vers des thématiques pivots. La réunion des compétences d’experts de la bioinformatique, de la biostatistique et de la gestion de données, permettra notamment de dresser et de mettre à jour une cartographie et répondre aux demandes des communautés des sciences du vivant.
Par ailleurs, la KIM Data & Life Sciences permettra de renforcer les liens avec les partenaires économiques, à l’instar d’HORIBA Medical, membre fondateur de la fondation MUSE et de starts-up locales impliquées dans le processus de création d’entreprises dans le domaine de la gestion et le traitement des données biologiques.
Les actions
Mise en place de trois modules doctoraux dans les domaines de la gestion et du traitement des données pour les étudiants des ED GAIA et CBS2 ; les doctorants ayant suivis les trois modules se verront délivrer par la KIM Data & Life Sciences un certificat d’étude doctorale en Data Science.
Mise en place d’un module doctoral proposé aux étudiants des spécialités Biostatistique, Informatique, Mathématiques et Modélisation de l’ED I2S ; les doctorants suivant ce module mèneront une activité de conseil dans les domaines de la gestion et du traitement des données ; les bénéficiaires de ce service seront des chercheurs en sciences de la vie ou environnement ayant sollicité l’aide de la KIM.
Les étudiants des Masters Mathématiques, Informatique, Sciences et Numériques pour la santé se verront proposer à l’automne 2018 un total de 10 financements de stage de deuxième année.
Un cycle de séminaires mensuels qui seront autant de points de rencontre pluridisciplinaires entre des chercheurs en sciences du vivant, en environnement, en informatique, en mathématiques, en physique…
Une demi-journée mensuelle pour les Ingénieurs de Recherche et d’Etude
Des réunions mensuelles pour les Ingénieurs de Recherche et d’Etude dans les domaines du traitement et du stockage des données, seront consacrées aux méthodologies et algorithmes.
La KIM Data et Life Sciences s’appuiera sur un groupe de 3 ingénieurs de recherche : 1 bioinformaticien, 1 biostatisticien et 1 spécialiste de la gestion et du stockage des données pour répondre aux demandes émanant de la communauté MUSE.
Un lien étroit avec la KIM BIOMARKERS & THERAPY
La KIM Biomarkers & Therapy considère que les biomarqueurs sont essentiels non seulement pour confirmer les diagnostics, mais aussi pour définir les sous-types de pathologie et établir des liens avec la réponse au traitement. Une bonne exploitation de ces données est impérative. Le développement de nouveaux outils bioinformatiques et mathématiques est donc indispensable, la KIM Data & Life Sciences peut ainsi venir en appui de la création d’un outil d’extraction automatisée de données patients à partir de bases de données distribuées entre les différents systèmes informatiques des établissements de santé (CHU de Montpellier, CHU de Nîmes et Institut du Cancer de Montpellier).
Complémentaires avec les initiatives existantes (Labex, Institut de convergences #DigitAg…) la KIM Data & life Sciences propose de financer le recrutement de PostDocs sur des sujets prédéfinis autour de trois thématiques :
- Structure et stockage des données de santé ;
- Intelligence Artificielle et Apprentissage automatique pour la médecine personnalisée ;
- Méthodes statistiques pour inférence sur données pan-génomiques.